1636 kam es nach einem Großbrand in Eisenach zu erheblichen baulichen Veränderungen. Die ursprünglichen drei Gebäude auf dem Gelände wurden durch ein zusätzliches Stockwerk und ein Mansardendach verbunden. Etwa 260 Jahre später eröffnete ein Gastwirt die Gaststätte „Lutherkeller“ und führte interessierte Gäste durch Luthers ehemalige Wohnräume. Aufgrund starker Beschädigungen während des Zweiten Weltkriegs musste das Lutherhaus 1945 wieder aufgebaut werden. Seit Mai 1956 sind im Lutherhaus die kirchliche Luthergedenkstätte und das Evangelische Pfarrhausarchiv untergebracht. Anlässlich des 500. Geburtstags von Martin Luther 1983 wurde das Lutherhaus umfangreich renoviert. Seit dem 450. Todestag im Jahr 1996 ist in der Luthergedenkstätte die neue Dauerausstellung zu sehen.

Martin Luther wurde am 10. November 1483 in Eisleben geboren und studierte ab 1501 Jura und Philosophie, bis er im Jahr 1505 Mönch wurde. Er lebte im Kloster zu Wittenberg und war als Prediger an der Stadtkirche tätig. 1517 verfasste Luther aus Protest gegen den Ablasshandel seine 95 Thesen, die als Auslöser der Reformation gelten. Für die Thesen und andere reformatorische Schriften musste sich Luther 1521 vor dem Reichstag in Worms verantworten und weigerte sich, seine Schriften zu widerrufen. Daraufhin wurde er mit dem päpstlichen Bann belegt und durch das Wormser Edikt geächtet. Sein Landesfürst versteckte ihn auf der Wartburg, wo er unter dem Decknamen „Junker Jörg“ lebte. Dort übersetzte er das Neue Testament ins Deutsche. 1522 kehrte er nach Wittenberg zurück und heiratete 1525 Katharina von Bora. Martin Luther starb am 18. Februar 1546 in Eisleben und wurde in der Wittenberger Schlosskirche beigesetzt.