Mit dem Staatsvertrages vom 20. Dezember 1841 zwischen dem Königreich Preußen, dem Großherzogtum Sachsen-Weimar-Eisenach und dem Herzogtum Sachsen-Coburg und Gotha wurde mit dem Bau der Thüringer Bahn in die Wege geleitet.Dabei blieb es nicht aus, das die Bahnlinie den bekannten Leinakanal kreuzen würde. Problemlösung war ein Aquädukt, welcher über die Bahnverbindung gebaut wurde. Die Baugenehmigung der Thüringer Bahn im Oktober 1844 beinhaltete auch die notwendige Genehmigung für die Errichtung einer Kanalbrücke zur Überführung des Leinakanals am Kilometer 141,9 inbegriffen. Der Autor Günter Walter dokumentiert mit seinem Buch die Geschichte der Bahnstrecke und des Aquädukt Leinakanal von 1844 bis 1994, als die Bahnstrecke Eisenach-Gotha elektrifiziert und dann für den ICE-T ausgebaut wurde.

Zeittafel 1844 – 1994
1844 Genehmigung des Projektes der Thüringer Eisenbahn von Apolda nach Gerstungen durch das Preußische Ministerium im Oktober 1844.
1846/47 Bau des Aquädukt bei Leina/Sundhausen während des Baus der Bahnstrecke Gotha-Eisenach am Kilometer 141,923.
Die Oberkante des Aquädukts befindet sich 333,000 m über NN
1910/12 Anlegung des Bahnhofs Leinakanal
1934/36 Erweiterung des Bahnhofs
1938 Der mittlere Stützpfeiler ausgespart, um mehr Platz zum Ausbaues der ehemaligen Blockstelle „Leinacanal“ als Kreuzungs- und Überholungsbahnhof zu gewinnen
1955 Am 22. Februar 1955 wurde der Aquädukt zum Zeitwert von 16,72 Mio. Mark an die Wasserwirtschaftsdirektion Eisenach übergeben
1994 Die letzten Zugfahrt erfolgte am 3. Dezember 1994 um 16.14 Uhr
1994 wird von der DBAG die Nordumfahrung fertiggestellt
1995 7. Mai, Abschaltung des Stellwerks Leinakanal und Inbetriebnahme des ESTW Eisenach