Die Schlosskirche Wittenberg war mehrmals von schweren Beschädigungen betroffen. Während des Siebenjährigen Krieges brannte sie bis auf die Grundmauern nieder. Zahlreiche Wertgegenstände wie auch die Thesentür im Hauptportal wurden dabei zerstört. Bei der Belagerung Wittenbergs durch die Preußen 1814 geriet der Neubau der Schlosskirche wieder in Brand. Die Preußen bauten daraufhin das Schloss zur Kaserne um. 1817 wurde die Universität nach Halle verlegt. Die Schlosskirche ging danach an das neu gegründete evangelische Predigerseminar. Im Jahr 1858 stiftete König Friedrich Wilhelm IV. eine neue Thesentür aus Bronze. Seit Ende des 19. Jahrhunderts ist die Kirche offiziell Denkmal der Reformation. Sie wurde zu der Zeit im neugotischen Stil umgebaut. Eine meterhohe Inschrift aus Mosaiksteinen unterhalb der neugotischen Turmhaube zeigt Worte aus dem von Luther verfassten Kirchenlied „Ein feste Burg ist unser Gott“.

1978-1992 war der bekannte Theologe Friedrich Schorlemmer Prediger an der Schlosskirche und Dozent am Predigerseminar. Er war Mitbegründer der Bewegung „Schwerter zu Pflugscharen“. Die DDR-Regierung verbot die Benutzung dieses Ausdrucks. Daraufhin schmiedete Schorlemmer bei einer Aktion auf dem Kirchentag in Wittenberg 1983 ein Schwert zu einer Pflugschar um. Von Oktober 1989 bis März 1990, zur Zeit der deutschen Wiedervereinigung, fanden in der Schlosskirche Gebetsgottesdienste „zur Erneuerung des Landes“ statt.

Zum 500. Geburtstag von Martin Luther wurden 1983 in die unteren Seitenfenster zwölf Glasbildnisse europäischer Reformatoren eingesetzt, die der Lutherische Weltbund in Auftrag gegeben hatte. Seit 1996 steht die Kirche auf der Welterbeliste der UNESCO. Bei einer Dachsanierung 1999-2000 griff man auf die Gestaltung im Jahr 1892 zurück, dabei erhielt die Kirche ein Dach aus farbig glasierten Ziegeln.